故事发生在2029年。那时，X战警早已解散，仅存的几个变种人洛根和卡利班正在照顾年迈的X教授。由于衰老，X教授无法控制自己的超能力。如果他不依赖毒品，他的超能力就会失控。他给世界造成了不可挽回的灾难。不仅如此，独狼的自愈能力也随着时间的推移逐渐减弱，体力和力量也大不如前。一天，一个陌生的女人来到独狼身边，把他托付给一个名叫洛拉的年轻女孩。他指示洛根把劳拉送到位于加拿大边境的“伊甸园”。令洛根惊讶的是，劳拉其实是一个通过基因移植创造出来的人工变种人，而在传说中的伊甸园里，与劳拉处境相同的孩子还有很多。邪恶的唐纳德密切跟踪洛根团伙的行踪。他的目标只有一个，彻底消灭那些人造变种人。